桂林医学院现下设基础医学院、临床医学院、药学院、生物技术学院、护理学院和继续教育学院等6个二级学院，另设有人文社科部、大学外语部、体育部3个直属教学单位。

    长期以来，各二级学院和直属教学单位在学院的直接领导下，坚持贯彻党的教育方针和卫生工作方针，坚持社会主义的办学方向，严格按教育规律办事，无论是在教学管理还是在具体的教学活动中，都取得了可喜的成绩。此外，各二级学院和直属教学单位还根据各自的专业、学科和课程特点，在坚持把德育放在首位、坚持以教学为中心和坚持质量第一的基础上，开展创新性的工作，始终把二级学院的建设和发展与全学院的发展紧密地联系在一起，共同将桂林医学院打造成为具有地方优势特色的医药学院校。